בשירות בתי הסוהר פועלות שלוש יחידות מבצעיות מיוחדות : יחידת נחשון, יחידת מצדה ויחידת דרור - לשם התמודדות הארגון עם האיומים והסיכונים בתחום מתקני הכליאה ומחוץ להם:

 

 

 

יחידת הליוויים הארציים, הממונה על העברת האסירים בין בתי הסוהר ולבתי המשפט בכל רחבי הארץ, כמו גם, על מתן מענה בעת התפרעויות בבתי הסוהר.
 

 

יחידת  ההשתלטות המובילה את תחום האל- הרג במתקני הכליאה.
 

 

יחידת הסמים, יחידת מודיעין מיוחדת ומסווגת האמונה על מניעת ההברחות של סמים לכלא ועל מתן מענה בעת התפרעויות בבתי הסוהר. היחידה מופעלת אך ורק על ידי נציב שב"ס וקצין מודיעין ראשי.